대구제일교회는 1893년 4월 22일 당시 부산선교지부에 주둔하던 미국 북장로회 선교사 배위량 목사가 경상도 북부 지역 선교여행 중 대구동성에 첫발을 디딤으로서 시작되었다.
대구제일교회의 3번째 성전이 위치한 이곳은 1896년 미국 북장로교 선교사가 부산에서 대구로 옮겨올 때, 여기에 있던 초가 5동과 와가 4동을 교회부지로 구입하여 1898년 와가 4동을 교회당으로 사용함으로써 경북 최초의 기독교 교회인 남성정 교회가 창립된 곳이다.
초기에서는 대구 최초의 의학병원인 제중원(동산의료원의 전신)을 세워 서양의술을 소개하였고, 근대학교인 희도학교, 대남학교, 신명학교를 세워 근대교육을 실시하였다.
이 후, 교세가 왕성해짐에 따라 1907년 재래의 양식과 서구양식을 본딴 절충식 건물을 지어 교회로 사용하였다.
1933년 신도들의 헌금으로 벽돌조의 교회당을 세워 제일교회로 개명하였고, 1936년 벽돌조 5층 높이에 종탑을 세워 현재의 모습을 갖추게 되었다.
그 동안 교회내부는 약간의 변형이 있었으나 외형은 당시 모습을 잘 보존하고 있다.
외관 구성에서 고딕적 특성을 잘 나타내고 또한 각 부의 비례와 조적수법이 정교하여 대구지방 근대건축사 연구에 귀중한 자료이다.